1936-40 წლებში სწავლობდა თბილისის სახელმწიფო სამხატვრო აკადემიაში, სახვითი ხელოვნების ფაკულტეტზე. 1946 წელს დაამთავრა ფერწერის ფაკულტეტის ასპირანტურა. 1948 წლიდან იყო მხატვართა კავშირის წევრი. 1948-1953 წლებში მუშაობდა გამომცემლობა „ნაკადულში“ მხატვრულ რედაქტორად. 1966-1975 წლებში თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ხელოვნების საზოგადოებრივ პროფესიათა ფაკულტეტზე ასწავლიდა ფერწერასა და კომპოზიციას. ხელოვანი არის საქართველოს დამსახურებელი მხატვარი. 1960 წელს მიიღო ხელოვნების დამსახურებული მოღვაწის წოდება, ხოლო 1958 წელს გადასცეს საპატიო ნიშნის ორდენი ხელოვნების განვითარებაში თვალსაჩინო დამსახურებისათვის. ეკატერინე ბაღდავაძის ნამუშევრები დაცულია სხვადასხვა მუზეუმსა (საქართველოს ეროვნული მუზეუმი, თბილისი; გ. ლეონიძის სახელობის ლიტერატურის სახელმწიფო მუზეუმი, ამბროლაურის სახვითი ხელოვნების მუზეუმი და სხვ.) და კერძო კოლექციებში.
